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FAQ
1，杰毅本地化解決方案的包含了哪些內(nèi)容？
杰毅本地化解決方案包含微生物破壁儀、NGSmaster?自動化建庫儀、儀器配套卡盒以及提取建庫試劑、病原微生物基因數(shù)據(jù)分析軟件及服務器，搭配 illumina 高通量測序儀為一整套病原微生物本地化解決方案，可以為醫(yī)療機構(gòu)快速實現(xiàn)本地化開展病原微生物檢測。
2，杰毅本地化解決方案適配的測序平臺有哪些？
NGSmaster?自動化建庫儀可搭配 illumina nextseq500/550、Miseq 等測序儀。
3，杰毅病原宏基因組本地化解決方案從樣本到報告需要多長時間？
使用杰毅病原宏基因組本地化解決方案，從標本到出具報告＜13 小時。
4，NGSmaster?自動化建庫儀的通量有多大？
NGSmaster?自動化建庫儀標準是 4 個通道，一次可以做 1-4 個樣本。每個通道之間相互獨立，互不影響，可同時對不同類型的生物樣本進行處理，也可以單個樣本即刻開始提取建庫，靈活方便，適用于臨床隨時來樣的檢測場景，也符合緊急情況下需要快速對單個或是少數(shù)樣本進行建庫測序的需求。在臨床樣本量增加時，也可以將多臺儀器進行疊加使用，最多可以疊加 24 臺儀器（96 通道）。除了標準的 4 通道，還有單通道的儀器可選。
5，NGSmaster?自動化建庫儀建庫可以構(gòu)建哪些文庫，需要多長時間？
使用 NGSmaster?自動化建庫儀可以進行 DNA 建庫和 RNA 建庫。生物樣本進，文庫出，提取建庫過程均儀器自動完成，無需人工操作，DNA 文庫 2 小時完成，RNA 文庫 3.5 小時完成。
6，杰毅自動建庫為什么只需要 2 個小時就能完成？
傳統(tǒng)的建庫為手工+PCR 建庫方式，至少需要 6-8 小時。杰毅的文庫構(gòu)建使用的是 PCR-free 的建庫技術(shù)，建庫過程中不進行 PCR 擴增（5 步完成建庫：核酸-片段化-補平加 A-連接-純化），從而節(jié)省了大量時間（PCR 方法建庫需要進行多步純化和 PCR）。同時儀器自動建庫，也大大縮短了人為操作時間，實現(xiàn)了 2h 可以完成文庫的構(gòu)建。
7，為什么要使用 PCR-free 的建庫技術(shù)，有什么優(yōu)勢？
（1）PCR-free 建庫技術(shù)無 PCR 過程，避免了 PCR 氣溶膠污染的風險。
（2）PCR-free 建庫無 PCR 產(chǎn)生的偏向性問題，讓結(jié)果更真實。
（3）PCR-free 建庫技術(shù)步驟少，速度快，大大縮短了實驗時間。
8，NGSmaster?自動化提取建庫儀可以做的樣本類型有哪些？
NGSmaster?自動化提取建庫儀適用的樣本類型非常全面，包括血漿、骨髓、肺泡灌洗液、腦脊液、胸腹水、膽汁、關(guān)節(jié)積液、尿液、膿腫抽液、房水、其它穿刺液、組織、痰液、鼻咽拭子保存液、傷口滲出液、肛周拭子等。
9，建庫完成后，樣本還需要進行什么處理嗎，如何進行質(zhì)控？
使用 NGSmaster?自動化建庫儀，建庫程序完成之后，直接得到文庫樣本。只需要在測序前用熒光定量 PCR 儀進行文庫定量質(zhì)控，質(zhì)控合格之后，完成 pooling 和 pooling 后質(zhì)檢，即可進行上機測序。
10，NGSmaster?自動化建庫儀占地大嗎，操作需要放在什么房間？
NGSmaster?自動化提取建庫儀相比市面上常見的建庫設備，體積很?。?18mm*343mm*418mm），可以放置在生物安全柜內(nèi)，并且由于建庫使用 PCR-free 建庫技術(shù)，無氣溶膠污染，不需要放置在專門的 PCR 房間，一般放置在樣本制備間即可。
11，數(shù)據(jù)分析是如何進行的和檢測報告是怎么出具的？
杰毅本地化解決方案中，數(shù)據(jù)分析使用杰毅專門的病原微生物基因數(shù)據(jù)分析軟件，該軟件搭載了物種信息系統(tǒng)、智能分析系統(tǒng)、深度解讀系統(tǒng)三大系統(tǒng)，并留有 his 系統(tǒng)接口，可以進行信息對接，可實現(xiàn)樣本查詢、管理等。可視化的報告系統(tǒng)，可為臨床一鍵式出具檢測報告，僅需 1 名臨床醫(yī)生對報告進行審核即可。測序過程中邊測序邊分析，最快可實現(xiàn)下機后 10 分鐘出具報告。
數(shù)據(jù)分析可選云端數(shù)據(jù)解決方案和本地化數(shù)據(jù)方案，云端數(shù)據(jù)解決方案無需單獨配置服務器，數(shù)據(jù)全面更新快。本地化數(shù)據(jù)解決方案數(shù)據(jù)安全性高更高，適用于對數(shù)據(jù)安全要求較高的機構(gòu)。
12，檢測的內(nèi)容哪些內(nèi)容？
杰毅病原宏基因組檢測內(nèi)容含24419種病原微生物（細菌 11027 種，支原體 54 種，衣原體 12 種，立克次體 21 種，螺旋體 48 種，病毒 11704 種，真菌 1324 種，寄生蟲 229 種）和 2000 余種耐藥基因。
13，杰毅本地化解決方案有什么優(yōu)勢？
（1）配套的微生物破壁儀，通過三維高速震蕩破壁，可顯著提高真菌、分枝桿菌等難破壁微生物的檢出，避免漏檢；
（2）NGSmaster?一站式、自動化建庫系統(tǒng)可快速、2h 無人值守，可自動化完成樣本的核酸提取和文庫構(gòu)建，提升檢測時效性，降低污染風險，保障了生物安全；
（3）配套的卡盒式試劑盒，實驗前只需要將樣本和提取建庫反應試劑都預先加入卡盒中，后續(xù)通過自動化建庫儀自動完成提取和文庫構(gòu)建，省時省力。
（4）采用了 PCR-free（免擴增）建庫技術(shù)，可顯著提升檢測時效性，規(guī)避 PCR 偏好性以及潛在的污染風險，保證結(jié)果的真實性；
（5）本地化數(shù)據(jù)分析軟件集數(shù)據(jù)庫、自動化分析軟件、智能化 AI 解讀于一體，無需生信分析人員，一鍵生成檢測報告，測序完成后最快可 10 分鐘出具報告。
杰毅生物技術(shù)在行業(yè)中的優(yōu)勢？
杰毅生物是專注于為臨床提供分子診斷服務，秉承自主創(chuàng)新與追求卓越的理念，視自主研發(fā)的核心技術(shù)為生命，持續(xù)不斷地在臨床轉(zhuǎn)化領域進行技術(shù)研發(fā)投入。自主研發(fā)了 Q-mNGS 定量技術(shù)、NGSmaster 自動化檢測、PCR-free 建庫技術(shù)、微生物破壁儀、去人源技術(shù)等。
1) 從樣本到報告，全流程＜13 小時，業(yè)內(nèi)最快。
2) Q-mNGS 定量技術(shù)——可明確樣本中人源和病原體核酸含量，對真/假陰性結(jié)果進行鑒別，可根據(jù)病原體含量的變化對抗感染療效進行評估。
3) NGSmaster 病原宏基因組一體化建庫儀——全國唯一的全自動一體化核酸提取建庫儀，每個樣本獨立空間內(nèi)完成核酸提取和文庫構(gòu)建，規(guī)避了實驗員操作引入的背景菌以及樣本間的交叉污染，另外全流程僅需 2 小時，提高了 mNGS 檢測是時效性。
4) PCR-free 技術(shù)——依托杰毅生物自主研發(fā)的建庫試劑，在文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)去除了可能引起污染及結(jié)果偏差的多步純化步驟和 PCR 步驟，既提高了 mNGS 時效性，又規(guī)避了這些步驟可能導致的污染和結(jié)果偏差，使 mNGS 檢測結(jié)果更真實更準確。
5) 微生物破壁儀——采用三維高速振動的原理，配合不同粒徑的玻璃珠，可對分枝桿菌、真菌等厚壁微生物進行高效破壁，提高其檢出率；另外相比超聲破碎儀可能導致核酸過片段化造成的部分病毒、細菌的漏檢，杰毅自研的微生物破壁儀不會影響易破壁微生物的檢出率。
6) 去人源技術(shù)——杰毅自研的去人源技術(shù)采用差異裂解法的原理，快速、高效的對樣本中人源細胞進行去除，以提高微生物的檢出。根據(jù)與浙大一院的科研結(jié)果顯示，本方法可將微生物序列數(shù)占比平均提高 29.7 倍，且去人源全流程僅需 15 分鐘（其他類似方法需 2-4 小時）。
7) 自建耐藥基因檢測數(shù)據(jù)庫，從 2000 多種耐藥基因中挑選出 40 多個與表型耐藥強關(guān)聯(lián)的基因，在檢測病原物的同時，提供耐藥信息，可以作為醫(yī)生臨床用藥的參考。
8) 自建病原數(shù)據(jù)庫，補充真菌數(shù)據(jù)。
mNGS 檢測報告周期？
24 小時極致交付：實驗室從標本到報告＜13 小時。
外周血、腦脊液、肺泡灌洗液等常見樣本類型的陽性率？
外周血 50% 左右，腦脊液 40 - 50%，肺泡灌洗液 70 - 80%
耐藥基因臨床符合率？
據(jù)不完全統(tǒng)計數(shù)據(jù)約 80%。
常見的 RNA 病毒有哪些？
- 副黏液病毒科。常見的麻疹病毒導致麻疹；腮腺炎病 毒引起流行性腮腺炎；呼吸道合胞病毒（RSV）是引起小兒病毒性肺 炎最常見的病原，可引起間質(zhì)性肺炎及毛細支氣管炎。
- 正黏液病毒科：流感病毒 A、流感病毒 B、流感病毒 C 可引起流行性感冒。
- 逆轉(zhuǎn)錄病毒科：最常見的是引起 AIDS 的人類免疫缺陷病毒（HIV）。
- 小 RNA 病毒科：如甲型肝炎病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒、柯薩奇病毒、鼻病毒等。
- 黃病毒科：流行性乙腦病毒可導致乙腦；丙型肝炎病毒 引起急、慢性病毒性肝炎。
- 披膜病毒科：風疹是由風疹病毒導致的一種急性呼吸道傳染病。
- 冠狀病毒：是成人普通感冒的主要病原之 一；傳染性非典型肺炎是由 SARS 冠狀病毒引起的嚴重急性呼吸綜合征（SARS）。
- 沙粒病毒科：淋巴細胞脈絡叢腦膜炎（lymphocytic choriomeningitis，LCM）系 LCM 病毒所致的急性傳染病，本病的臨床經(jīng)過可有流行性感冒樣癥狀至腦膜炎、腦炎等程度不等的表現(xiàn)。
- 呼腸弧病毒科：常見的有輪狀病毒，是導致嬰幼兒腹瀉的常見病毒；并且是手足口病的常見病原體之一。
- 布尼亞病毒科：腎綜合征出血熱是 由漢坦病毒是引起的一種自然疫源性疾病，以及新近出現(xiàn)的新型布尼亞病毒所引起的發(fā)熱伴血小板減少綜合征。
- 纖絲病毒科：埃博拉病 毒（EBOV）是引起人類和靈長類動物發(fā)生埃博拉出血熱（EBHF）的烈性病毒，由此引起的出血熱是當今世界上最致命的病毒性出血熱， 已造成 10 次具有規(guī)模的暴發(fā)流行。
樣本該如何選擇?
針對主要感染病灶在肺部的患者——送檢樣本：肺泡灌洗液> 痰液> 鼻咽拭子
針對除發(fā)熱外無其他感染部位的患者——送檢樣本：外周血> 骨髓
針對呼吸系統(tǒng)感染的兒童或不適宜取肺泡灌洗液的患者——送檢樣本：痰液> 鼻咽拭子
針對腸道感染的患者——送檢樣本：肛周拭子
針對中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的患者——送檢樣本：腦脊液> 外周血
不接受糞便樣本，但可以接收肛拭子
Q-mNGS?是什么？
Q-mNGS?全稱 Quality/Quantity mNGS（定量宏基因組檢測），實現(xiàn)了人源和病原體核酸的相對定量檢測，可溯源樣本中病原及人源核酸的真實比例，實現(xiàn)真/假陰性的區(qū)分和治療效果的監(jiān)測。
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